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張老師

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5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用
產品介紹

羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測序對DNA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;

普遍用于: 1) 發育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

專注表觀組學10年,提供專業有價值的羥甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊之一, 國內較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;

自動化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文。

樣本類型和要求

樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細胞、全血、動物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

數據分析

Seal-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

相關基因GO,KEGG富集分析

高級分析

8、多組學整合關聯分析

例如與轉錄組關聯分析

9、其它定制化分析

結合課題背景亮點挖掘


5hmC化學捕獲測序(5hmC Seal)

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羥甲基化5hmC是被認為是哺乳動物基因組上的第六堿基,在發育、衰老、神經退行性疾病、復雜疾病及腫瘤發生過程中起重要作用;

并且在較近幾年5hmC已經作為一種重要癌癥篩查標志物的研究,具有重要的臨床價值;

5hmC化學捕獲測序(5hmC-Seal)通過點擊化學、生物素標記捕獲等原理(Nat Biotechnol. 2011;29(1):68-72),

減少了基于亞硫酸鹽測序對DNA損傷,降低了DNA輸入量的要求,

滿足不同樣本類型包括血漿cfDNA的全基因組范圍羥甲基化檢測;

普遍用于: 1) 發育和疾病甲基化機制研究; 2) 復雜疾病與腫瘤分子分型與診斷預后; 3) cfDNA羥甲基化檢測、液體活檢等臨床應用。

重點技術及質控,用心服務每一個項目

專注表觀組學10年,提供專業有價值的羥甲基化完整解決方案;

較早開發羥甲基化測序技術的團隊之一, 國內較早推出多種組合的羥甲基化解決方案;

從樣本采集、cfDNA提取、建庫測序的完整cfDNA羥甲基化檢測方案;

低至5ng血漿cfDNA的5hmC Seal文庫構建重點技術;

自動化樣本處理、建庫及分析流程,保障高效周期,40天極速交付;

已完成多種腫瘤組織、cfDNA及哺乳動物羥甲基化測序及分析;

助力客戶在Genome biology, Epigenetics等雜志發表多篇論文。

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樣本類型

樣本要求

基因組DNA

總量≥ 3ug; 濃度≥ 30ng/ul; 基于Qubit定量

血漿/血清/cfDNA

建議提供2-4ml血漿/血清, 或者>15ng cfDNA

細胞、全血、動物組織等

按照送樣要求準備

備注:用封口膜密封樣品; 干冰運輸

數據分析

Seal-seq

分析內容

備注

標準分析

1、測序數據質量評估

過濾掉低質量數據,保證數據質量

2、與參考基因組比對

測序Reads 在基因組上的分布

3、5hmC Peak峰Calling

5hmC富集區域鑒定

4、5hmC Peak圖譜分析

5hmC Peak在基因組,染色體,功能元件上的分布

6、組間差異5hmC Peak分析

尋找DhMR及注釋

7、差異5hmC Peak基因分析

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