RNA結合蛋白免疫共沉淀測序(RIP-seq)

—全轉錄組范圍揭示RNA與蛋白互作技術

RNA結合蛋白（RNA binding protiens）結合RNA調控基因表達，與RNA相互作用是聯系多組學的橋梁。從表觀遺傳到蛋白代謝，RNA蛋白互作的研究是高分文章必不可少的。RIP-seq（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay Sequencing，RNA 結合蛋白免疫沉淀測序）通過特定抗體把相應的RNA-蛋白復合物富集沉淀下來，經過分離純化就可以對結合該區域RNA序列進行高通量測序，在轉錄組范圍內鑒定與蛋白結合的區域，是了解轉錄后調控網絡的有力工具。為多組學助力機制研究，艾斯基因引入RIP-seq這一研究轉錄后動態調控技術，精確定位RNA與蛋白互作，助力廣大科研工作者發表高分SCI文章！ 

RIP-seq實驗原理圖

艾斯優勢

項目經驗豐富

已經完成人、動植物等幾十個物種, 5000+例樣本項目經驗

專業生信分析團隊

針對多組學測序，艾斯搭建多組學關聯分析流程，多維度助力科研機制研究

高效自動化流程

自動化樣本處理、建庫及分析流程，保障高效周期，40天極速交付

高水平文章經驗

團隊已經發表Genome Biol、Nat Commun、Cell Res等高水平SCI文章

樣本類型和送樣要求

備注：詳細送樣要求參考 RIP-seq送樣要求2024

數據信息分析

在研究中大多數技術都不是單一使用，RIP-seq也不例外，它會搭配其他組學一起對研究的深度和廣度進行擴充。RIP-seq可以與多種技術聯合分析，RNA-seq、m6A-seq等。

案例分析1:m6A識別蛋白YTHDF1在低氧適應和非小細胞肺癌發生發展中的重要功能

YTHDF1 links hypoxia adaptation and non-small cell lung cancer progression. Nat Commun 10, 4892 (2019)..

研究內容：研究發現YTHDF1作為m6A修飾后的RNA結合蛋白家族成員之一，在高原家養哺乳動物中低表達，而在正常肺上皮細胞中抑制其表達可以抵抗低氧誘導的細胞凋亡。深入研究發現，YTHDF1在非小細胞肺癌腫瘤組織和細胞系中均高表達，其在常氧條件下通過加速CDK2和CDK4等細胞周期蛋白的表達來促進腫瘤細胞的增殖；而在鉑類藥物為主的化療壓力環境下，由于YTHDF1高表達促進了Keap1蛋白的表達，導致Nrf2轉錄因子的迅速降解和下游耐藥基因AKR1C1的沉默，因此腫瘤患者對化療更敏感且總生存時間更長

研究技術：RIP-seq、m6A-seq、RNA-seq

研究總結：聯合運用了RIP-seq和m6A-seq，鑒定出細胞周期因子CDK2和CDK4的m6A修飾發生了變化，且被YTHDF1所識別和結合。CDK2和CDK4表達的紊亂也導致細胞周期的紊亂，使得癌細胞增殖加速

圖1 m6A-seq和 RIP-seq揭示YTHDF1調控模型

圖2 IGV圖展示CDK2和CDK4的RNA結合蛋白富集差異和m6A修飾差異

案例內容

結果內容

建議內容