甲基化芯片研究設(shè)計(jì)策略

　　一般來(lái)說(shuō)，只要選擇了合適的技術(shù)方法、重復(fù)樣本的數(shù)量以及一定的檢測(cè)深度(范圍)，所有設(shè)計(jì)都旨在探索生物標(biāo)記/相互關(guān)系; 但對(duì)于甲基化芯片的生物學(xué)機(jī)制研究，建議主要采用縱向(時(shí)間過(guò)程)或梯度研究。 因?yàn)檫@樣設(shè)計(jì)，不僅可以捕捉穩(wěn)定的甲基化變化趨勢(shì)，而且可以準(zhǔn)確估計(jì)缺失樣本的數(shù)據(jù)，那么，下面一起了解下甲基化芯片研究設(shè)計(jì)策略吧!

　　甲基化芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)策略：

　　1 .橫斷面設(shè)計(jì)：病例-對(duì)照研究

　　甲基化芯片普遍采用的研究類型是將某一特定狀態(tài)(病例組)與典型狀態(tài)(對(duì)照組)進(jìn)行比較，通常用于識(shí)別可能有助于刺激或?qū)ζ渌麪顟B(tài)的反應(yīng)的因素。

　　甲基化芯片優(yōu)點(diǎn)-病例組/對(duì)照組樣本量相對(duì)龐大，增加了組間比較的統(tǒng)計(jì)效果;

　　甲基化芯片缺點(diǎn)不同的分組標(biāo)準(zhǔn)可能會(huì)出現(xiàn)難以控制的復(fù)雜個(gè)體表型，導(dǎo)致出現(xiàn)甲基化疾病相關(guān)性的概率降低。

　　2 .甲基化芯片縱向(時(shí)間過(guò)程)或漸進(jìn)研究

　　隨著多個(gè)時(shí)間點(diǎn)或參數(shù)的變化進(jìn)行DNA甲基化檢測(cè)。 例如藥物梯度濃度，誘導(dǎo)后不同時(shí)間點(diǎn)，該設(shè)計(jì)可以觀察DNA甲基化的變化趨勢(shì)，過(guò)濾噪聲，提高結(jié)果的可靠性。 例如，隨著時(shí)間的推移和藥物濃度的變化，DNA甲基化明顯上升或下降的結(jié)果比在兩種條件下比較差異變化的結(jié)果更為可靠。

　　3 .甲基化芯片雙胞胎(同卵)比較研究

　　關(guān)于同卵雙胞胎性狀和疾病差異的研究，可能是較好的實(shí)驗(yàn)方案，因?yàn)橥央p胞胎可以排除遺傳變異和年齡問(wèn)題，在一定程度上排除環(huán)境因素，樣本數(shù)：約25對(duì)同卵雙胞胎(需要考慮年齡和環(huán)境因素對(duì)受試者的影響)。

　　4 .甲基化芯片多代家系遺傳研究

　　雖然個(gè)體間年齡的影響不可避免，但由于個(gè)體間遺傳變異(DNA甲基化特征與年齡相關(guān))的差異減小，出現(xiàn)新生變異和轉(zhuǎn)運(yùn)效應(yīng)，家系研究受到樣本數(shù)量少和臨床信息采集難度的限制。