甲基化芯片相關知識簡介

　　甲基化芯片包含了原先的Infinium Methylation450 BeadChip芯片90%以上的內容，這種選擇可提供一種廣泛、全面的甲基化組圖譜。而且還靶定了ENCODE計劃中確定為潛在增強子的區域，還有FANTOM5計劃在各種組織類型中確定出的增強子。

　　目前我們進行甲基化分析常規使用的是Illumina HumanMethylation450 BeadChip，也就是我們常說的450K芯片。送檢的每個樣本均在單獨的陣列(包含紅色和綠色兩種通道)上進行測量，每一個陣列包含450.000個CpG位點。每一個位點具有兩種不同的測量值：甲基化以及非甲基化測量值。

　　而這兩種值是通過“Type I”或“Type II”中的一種方式進行測量。“Type I”用來只測量一種的顏色，而在這一個顏色通道種包括兩個不同的探針來分別測量甲基化以及未甲基化值。而“Type II”只有一個探針，但包括雙色通道來測量甲基化與未甲基化的值。我們需要注意的是在芯片種探針與CpG位點并非一一對應的，450K芯片一共有48萬多個探針，而所包含的CpG位點差不多在45萬個左右。這一點我們之后還會再提及。

　　實際上一個芯片(slide)包括12個陣列(array)，而每一個陣列能夠分析一個樣本，機器可以同時分析8張芯片，所有，一次性可以沒有批次的分析96個樣本。

　　M值和β值：

　　450K甲基化芯片能夠對應一個CpG位點測出甲基化測量信號強度(M， methylated value)值和非甲基化信號強度(U，unmethylated value)。β值則等于M/(M + U + offset)，這里的offset是偏移量，以防止出現分母為0的情況。而M值則等于log2 (M/U)，也就是根據熒光信號進行log化。

　　在我們常規分析中，β值更加適合進行甲基化水平的定量，能夠闡明生物學意義，任何等于或大于0.6的β值都被認為是完全甲基化的。

　　任何等于或小于0.2的β值被認為是完全未甲基化的。

　　β值在0.2和0.6之間被認為是部分甲基化的。

　　而M值更適合用于進行下游統計分析。